Балк был среди тех 212 джедаев, которые сопровождали Винду на Джеонозисе, многие из них были его нынешними или бывшими учениками. Когда многие джедаи, включая его собственного падавана Галдоса Строуффа, были убиты в начале перестрелки на арене, Балк был среди тех, кто выжил, чтобы принять участие в первом серьезном конфликте Войн клонов. Когда битва закончилась, Балк числился среди погибших — посчитали, что его убил тот же взрыв, который унес жизнь его товарища Иита Кота. Балк не умер, но разочаровался в роли джедаев. Он укрепился в своем решении покинуть Орден. Вскоре после битвы на Джеонозисе Балк и магистр Толм столкнулись с графом Дуку на Бакуре, но Балка, уже склонявшегося к темной стороне из-за использования Ваапада, харизматичный граф перетянул на свою сторону.
На Рууле Сора Балк созвал на встречу инакомыслящих джедаев, отказавшихся сражаться в Войнах клонов. Он тайно дал заказ темной наемной убийце Асажж Вентресс уничтожить джедаев, но Мейс Винду сумел раскрыть измену Балка и прогнал наемницу.
Во время Войн клонов Балк был правой рукой графа Дуку. Куинлан Вос считал, что Сора Балк — второй лорд ситов, потом, вероятно, объединивший свои силы с Дартом Тиранусом.
Смерть Оппо Ранцисиса от рук Соры Балка На Салукемае Сора Балк встретился в бою с магистром-джедаем тисспиасцем Оппо Ранцисисом и убил его. Старый друг Балка, Толм, тоже бился с ним, но бежал, чтобы сразиться в другой раз. В заключительном сражении на Салукемае Толм и Куинлан встретились с Балком и его правой рукой, Толом Скорром. За этим последовала яростная схватка. Сора в поединке ранил Толма, а Куинлан убил Скорра. Вос спас от Соры раненого Толма, до того, как скрестить клинки с легендарным бывшим инструктором по бою на световых мечах. Вос, одержавший победу над своими внутренними демонами, поразил Балка, пронзив ему плечо. Джедай оставил тело последователя темной стороны на базе сепаратистов и поджег ее с орбиты. Когда база пала, тело Балка поглотила лава.
Известно, что в бою Сора Балк иногда использовал два меча — обычный и с укороченным клинком, называемый шото.
